Après un séjour de formation auprès de son grand-père maternel, Cherifou Sissoko, également joueur de kora, Ballaké intègre l’Ensemble Instrumental National du Mali à l’âge de 13 ans. Il va perfectionner son jeu aux côtés des grands maîtres : Sidiki Diabaté (père de Toumani Diabaté), N’Fa Diabaté et Batrou Sékou Kouyaté. En 1991, à l’âge de 23 ans, il quitte l’Ensemble Instrumental pour accompagner Kandia Kouyaté, l’une des plus emblématique chanteuse-griotte malienne. Proposant un jeu de kora innovant, il devient vite l’instrumentiste le plus sollicité de la première génération de grandes griottes. Il enregistre en 1997 son premier album sous son nom intitulé Kora music from Mali puis en 1998 un deuxième album éponyme. En 1999, il publie chez Hannibal l’album Nouvelles cordes anciennes avec Toumani Diabaté. La même année, Ballaké fait une apparition remarquée au Festival des Musiques Métisses d’Angoulême et signe l’année suivante chez Label Bleu l’album Deli qui marque le début de sa carrière solo. Ballaké va par la suite multiplier les rencontres musicales avec Ross Daly, Keyvan Chemirani ou Ludovico Einaudi. En 2005, son deuxième album chez Label Bleu, Tomora, l’impose comme l’un des plus prometteurs virtuoses de la kora de la nouvelle génération. Sa collaboration avec Vincent Ségal débute en 2009 par l’enregistrement de l’album Chamber Music et se poursuit avec Musique de Nuit, paru en 2015.